部門職責分工：負責全臺財務工作、國有資產、基本建設與維護等管理工作。下設財務辦公室（簡稱財務室）、資產管理辦公室（簡稱資產辦）、基建辦公室（簡稱基建辦）。  

　　財務辦公室的職責分工：財務室是負責全臺財務工作的管理部門。嚴格按照國家和中科院有關部門的方針、政策、法規和財務制度制訂臺財務管理的執行辦法和規定，做到按法理財，按規章制度理財；有計劃地組織、籌集、分配和運作資金；對臺內經濟活動進行核算、監督與控制；及時、準確、全面地反映全臺財務狀況；努力做到節約經費開支，提高資金使用效益，防止鋪張浪費、堵塞漏洞。  

　　資產管理辦公室的職責分工：歸口管理全臺國有資產（包括房地產、儀器設備、家具、圖書、股權等等），保障國有資產的安全。  

　　基建辦公室的職責分工：根據全臺科學事業的發展需要，制定園區建設和基本建設規劃和年度計劃。負責申報基建計劃和預算經費申請。組織實施各項基本建設項目，包括野外臺站的基本建設。承擔基建維修工作。